Le musée des Beaux-Arts et d’Archéologie est actuellement en plein chantier des collections. De ce fait, certaines oeuvres sont prêtées pour une durée plus ou moins longue à des musées de la Région :
Une sélection d’œuvres de Gustave Courbet ainsi que le buste de ce dernier exécuté par Aimé-Jules Dalou sont présentés au musée Courbet d’Ornans jusqu’à la réouverture du musée en 2017. Parmi les peintures figurent Les Paysans de Flagey revenant de la foire, Chasseurs dans la neige, Le Ruisseau du Puits Noir, Paysage et Le Ruisseau de la Brême.
Quelques œuvres de la collection Besson sont également exposées au musée de l’Abbaye à Saint-Claude comme Le Vieux-Port à Marseille d’Albert MARQUET, Les Roches rouges à Anthéor de Louis VALTAT et Le Repas des amis de Paul COLLOMB.
